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Test PCR

Pour une vision étayée en matière de tests, Aviation Covid Collective s’efforce de fournir aux intéressés plus d’informations sur les méthodes de diagnostic utilisées. La PCR est à la base des mesures prises vis-à-vis du virus SARS-CoV-2. Le test PCR constitue la base des statistiques sur le nombre de tests positifs, les personnes infectieuses, la valeur R, les admissions à l’hôpital, les admissions en USI, les décès et les nombreux modèles. Toutes les formes de tests sont calibrées sur la PCR.

Il vaut mieux que la fondation soit très solide. Une connaissance et une compréhension de base de la PCR, et en particulier des limites de la PCR, aideront à comprendre que nous prenons des raccourcis dans de nombreux domaines. Cela a des conséquences sociales énormes.

Qu’est-ce que la « PCR » ?

L’abréviation PCR signifie « réaction en chaîne par polymérase ». C’est une technique qui est utilisée dans divers laboratoires. Cette technique permet aux chercheurs d’amplifier une infime quantité d’ADN jusqu’à ce qu’il y en ait assez pour détecter, rechercher, utiliser ou analyser. Par exemple, la découverte de la PCR a considérablement fait progresser la recherche médico-légale. En bref, la PCR est une technique de laboratoire.

Comment ça marche?

Avec la PCR, un matériel génétique spécifique (un morceau d’ADN) peut être dupliqué au moyen d’une augmentation et d’une diminution contrôlées de la température. Cette étape de doublement s’appelle un « cycle ». Plus de cycles sont effectués, plus de copies du morceau d’ADN sont créées. Chaque cycle produit ainsi une augmentation exponentielle de la quantité de matériel génétique.

Pour indiquer à quelle vitesse le nombre d’augmentations est relatif à la quantité de matière de départ :

• 1 cycle : deux fois plus de matière ;
• 2 cycles : 4 fois
• 10 cycles : 1 024 x
• 20 cycles : 1 048 576 x
• 30 cycles : 1 073 741 824 x
• 40 cycles : 1 099 511 627 776 x
• 45 cycles : 35 184 372 088 832 x

Au moyen de la PCR, une quantité indétectable d’ADN peut être étendue à une quantité détectable. Y a-t-il de l’ADN présent que vous recherchez? Ensuite, vous pourrez trouver cela avec la PCR.

Le virus SARS-CoV-2 étant un virus dit à ARN, cet ARN doit être converti en ADN par des enzymes avant de pouvoir être multiplié. L’enzyme qui s’en occupe est appelée «transcriptase inverse» (RT). Pour cette raison, la RT-PCR est utilisée dans le cas de l’amplification de matériel viral à ARN.

Que montre la PCR ?

Un test PCR « positif » est la confirmation qu’un morceau d’ADN (gène) était présent dans l’échantillon de la personne testée. Il est testé pour la « présence » d’un gène sur la première ligne de défense de l’organisme, les muqueuses. Ni plus ni moins.

Le nombre de cycles requis avant que le gène spécifique puisse être détecté est appelé le « seuil de cycle » ou la valeur Ct. La valeur Ct fournit ainsi une indication de la quantité du gène recherché dans l’échantillon prélevé. En principe, avec une faible valeur Ct (moins de cycles), une plus grande partie du gène recherché était présente. Si de nombreux cycles étaient nécessaires avant que le gène puisse être détecté, la quantité initiale était faible.

Qu’est-ce que la PCR ne montre pas ?

Le noyau du coronavirus SARS-CoV-2 est constitué d’ARN, composé de nombreux gènes. Y compris les gènes N, S, E, RdRP et ORF1a/b. [1] La détection d’un seul morceau de gène, par exemple le gène E, ne signifie pas que tous les autres gènes nécessaires requis pour un noyau d’ARN intact sont également présents. Le noyau d’ARN du coronavirus est entouré d’une enveloppe protéique. Cela aussi n’est pas détecté par PCR. La PCR ne montre donc jamais par définition un virus intact.

Un test positif ne vous dit pas non plus si le virus est réellement entré dans vos cellules ou si le matériel viral se multiplie activement. Sans exclure la possibilité que d’autres agents pathogènes (tels que d’autres virus) soient présents, la cause des plaintes ne peut être attribuée à un seul résultat PCR positif. De plus, un test positif ne dit pas si vous êtes contagieux pour quelqu’un d’autre.

Un résultat de test PCR n’est donc absolument pas un diagnostic clinique en soi. Les fabricants de kits de test PCR sont très clairs à ce sujet dans la notice d’utilisation :

« Des résultats positifs indiquent la présence d’ARN du SRAS-CoV-2 ; une corrélation clinique avec les antécédents du patient et d’autres informations de diagnostic est nécessaire pour déterminer le statut infectieux du patient. Des résultats positifs n’excluent pas une infection bactérienne ou une co-infection avec d’autres virus. L’agent détecté peut ne pas être la cause définitive de la maladie.[2]

Résultats PCR vs culture cellulaire

En matière de santé publique, la seule question pertinente devrait être : quand est-ce qu’on est contagieux ? La contagiosité est une situation de charge virale élevée et est fortement liée à des plaintes manifestes, comme un rhume ou une toux. Cela produit des gouttelettes et des aérosols qui peuvent contenir du matériel viral intact.[3]

La culture cellulaire peut être utilisée pour déterminer en laboratoire dans quelle mesure une personne est porteuse d’un virus intact et est donc potentiellement contagieuse. [3] La recherche sur la culture cellulaire prend du temps (1 à 2 semaines) et ne peut avoir lieu que dans des laboratoires avec un niveau de sécurité minimum (BSL-3). Pour ces raisons, tous les laboratoires ne sont pas en mesure de mener ce type de recherche, rendant impossible la culture cellulaire à grande échelle.

Diverses études de culture cellulaire ont établi un lien entre la valeur Ct et la mesure dans laquelle cette personne peut encore être porteuse du virus intact. [4] [5] [6] Une étude approfondie a été publiée en septembre 2020 reliant 3790 tests PCR positifs pour le gène E et le degré de culturabilité. [4]

Voici les résultats :

• À la valeur Ct 20 : jusqu’à 87 % peuvent être cultivés ;
• À la valeur Ct 25 : jusqu’à 69 % peuvent être cultivés ;
• À la valeur Ct 30 : jusqu’à 22 % peuvent être cultivés ;
• À la valeur Ct 35 : jusqu’à 3 % peuvent être cultivés ;
• Avec une valeur Ct supérieure à 35 : aucun échantillon ne peut être cultivé.

Ce que ces résultats montrent en réalité, c’est que parmi tous ceux qui sont toujours testés positifs pour le gène E avec PCR après 30 cycles, 78% ne peuvent plus être contagieux. À 35 cycles, cela passe à 97 %. Toutes les études de culture cellulaire ont une chose en commun : plus la valeur Ct est élevée, plus le risque de virus intact est faible.


Interprétation des résultats

Dans une publication de mars 2021, le RIVM déclare : «Erasmus MC étudie actuellement la relation entre la valeur Ct, la quantité d’ARN viral et le degré de présence de virus infectieux.[7] Il est pour le moins très étrange qu’après plus d’un an et demi d’utilisation de la PCR pour diagnostiquer le COVID-19, cette étude n’ait pas encore été menée.[8] Le RIVM voit-il un manque de nécessité ?

En réponse à une requête WOB, le RIVM précise qu’il ne reçoit pas les valeurs Ct des laboratoires et qu’il n’a aucune connaissance de la répartition des valeurs Ct au sein de la population. [9] Cependant, tous les résultats PCR positifs sont ensuite additionnés. Jusqu’au 9 juillet 2021, un calcul du nombre de personnes contagieuses est donc présenté sur le Corona Dashboard.[10] Sans connaissance des valeurs de Ct, la manière dont ces chiffres ont été établis est indéfendable pour toute personne ayant des connaissances de base en diagnostic (et en particulier en PCR).

À ce jour, il n’existe toujours pas de norme internationale (SOP) permettant de distinguer une personne infectieuse et non infectieuse. La PCR est loin d’être le «gold standard» pour faire cette distinction. [4] [5] [6] [8]

Les tests actuellement utilisés mesurent la présence de parties de coronavirus sur les muqueuses. Lorsqu'une certaine valeur limite est atteinte, le résultat est dit « positif ».

Essais aéronautiques

À l’heure actuelle, de nombreux voyageurs (et équipages) dans l’aviation commerciale doivent subir des tests préalables. Il s’agit principalement de passagers et d’équipages sans plaintes liées au corona. En attendant, cela concerne des millions de tests qui ont été effectués, sans aucune indication entre une éventuelle contagiosité et un résultat positif. La politique poursuivie n’est en aucun cas conforme à la politique du RIVM, selon laquelle vous n’êtes testé qu’en cas de plainte liée au corona.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), l’équivalent européen du RIVM, prescrit un codage couleur des pays en fonction du nombre de tests positifs ou de « cas ».[11] La gravité de la situation est présentée avec les couleurs vert, orange, rouge et rouge foncé. Fin juillet 2021, les Pays-Bas sont devenus rouge foncé. Cependant, un test positif n’est absolument pas un diagnostic et donc pas un cas. Un test positif sans établir le lien avec les symptômes et un diagnostic fait par un expert (médecin) est une coquille vide.

Sur la base d’une énorme quantité de données de test, dont le RIVM ne semble pas savoir quelle proportion sont des coquilles vides, une politique est poursuivie, dont les conséquences sont énormes. Pas seulement pour l’aviation, mais pour la société dans son ensemble.

Résultats des tests et santé publique

Pour les mesures de santé publique, telles que les obligations de quarantaine ou les restrictions de voyage, il est totalement indifférent qu’une personne ait encore un fragment d’ARN viral dans le nez. Mettre en quarantaine ou imposer des restrictions de voyage à quelqu’un sur la base d’un simple test PCR positif est même moralement répréhensible. Plusieurs études montrent que 50 à 75 % des tests PCR positifs proviennent d’individus post-infectieux.[12][13]

Les personnes en bonne santé sans plaintes (asymptomatiques) ne sont pas malades et donc par définition n’ont pas le COVID-19 (Corona Virus Disease). Les personnes en bonne santé sans symptômes ne contribuent pas à la propagation du virus.

Bien sûr, une personne sans symptômes dont le test est positif peut également être à un stade précoce d’une infection et développer encore des symptômes (présymptomatique). La transmission infectieuse chez les individus asymptomatiques est rare et surtout, ils ne sont jamais le moteur d’une pandémie, selon l’OMS et Anthony Fauci. [14][15]

Le dépistage massif de personnes sans symptômes et sans autre diagnostic d’un médecin est une énorme erreur d’un point de vue médical et éthique. La question qui doit être posée à haute voix est de savoir si le monde est maintenant entré dans une « épidémie test ».

Admissions à l’hôpital COVID

Le 26 juillet 2021, The Telegraph au Royaume-Uni titrait : « Exclusif : plus de la moitié des hospitalisations de Covid ont été testées positives après leur admission. ”[16] . Jusqu’à 56% des «cas» n’étaient pas détectés avant qu’un test COVID standard ne soit administré à toute personne admise pour une raison quelconque.

Prof Heneghan : « Lorsque les gens entendront parler d’hospitalisations avec Covid, ils supposeront que Covid est la cause probable, mais ces données montrent quelque chose de tout à fait différent – il s’agit de Covid étant détecté après que des tests l’aient recherché.

Sir Graham Brady: « Compter tous les patients dont le test est positif comme hospitalisations Covid est inévitablement trompeur et donne une fausse image de l’impact continu du virus sur la santé.

Ce n’est pas différent aux Pays-Bas :

« Jusqu’au 16 décembre 2020, le tableau de bord utilisait les chiffres de la base de données Osiris. Les données d’Osiris proviennent principalement des GGD. Cependant, Osiris est considérablement sous-déclaré des admissions à l’hôpital car les GGD ne reçoivent pas toujours plus d’informations sur les admissions à l’hôpital des patients COVID.

Le fichier NICE est plus complet, mais utilise également une définition plus large de l’hospitalisation. Osiris n’inclut que les patients hospitalisés en raison du COVID-19, tandis que le NICE signale également les hospitalisations de patients atteints du COVID-19 qui sont hospitalisés pour d’autres raisons. ”[17]

Y avait-il auparavant une sous-déclaration importante ou y a-t-il actuellement une surdéclaration ? Il devrait être clair où cette façon de compter peut mener :[18][19]

Comprendre l’un pour l’autre

Nous espérons sincèrement que nos préoccupations concernant le fait de fonder la politique sur les résultats des tests trouveront un plus large soutien. Avec de grandes lacunes sociales dans les connaissances, à notre avis, une certaine retenue et prudence dans ses interprétations sont de mise.

Nous demandons de la compréhension pour toute personne qui choisit de ne pas être testée (plus longtemps). Enfin, le Collectif Aviation Covid demande aux intéressés d’examiner attentivement leurs procédures.

Les résultats des tests sont autonomes, sans signification.

Toutes les formes de test sont calibrées sur la méthode PCR. Les résultats des tests sont autonomes, sans signification.

Les références:

[1] RIVM, Directive Covid-19, https://lci.rivm.nl/ Guidelines/covid-19

[2] ThermoFisher, TaqPath, kit COVID‐19 CE‐IVD RT‐PCR, mode d’emploi, https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0019215_TaqPathCOVID-19_CE-IVD_RT-PCR%20Kit_IFU. pdf

[3] RIVM, Explication Sars-CoV-2 PCR, 12 octobre 2020, https://www.rivm.nl/sites/default/files/2020-11/Toelichting%20PCR_RIVM.pdf

[4] Jaafar et al., Corrélation entre 3790 réactions quantitatives en chaîne par polymérase – échantillons positifs et cultures cellulaires positives, y compris 1941 isolats de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère, maladies infectieuses cliniques (volume 72, numéro 11, 1er juin 2021, page e921) , https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1491

[5] Bullard et al., Predicting Infectious Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 From Diagnostic Samples, Clinical Infectious Diseases (Volume 71, Numéro 10, 15 novembre 2020, Pages 2663–2666), https://doi.org/10.1093/ cid/ciaa638

[6] Singanayagam et al., Durée de l’infectiosité et corrélation avec les valeurs seuils du cycle RT-PCR dans les cas de COVID-19, Angleterre, janvier à mai 2020, Eurosurveillance (13 août 2020), https://doi.org /10.2807 /1560-7917.ES.2020.25.32.2001483

[7] RIVM, Status validation SARS-CoV-2 antigen rapid tests, 10 mars 2021, https://lci.rivm.nl/sites/default/files/2021-03/Status %20validatie% 20SARS-CoV-2 %20antigeensneltesten% 2010 %20maart% 202021 .pdf

[8] New York Times, votre test de coronavirus est positif. Peut-être que ça ne devrait pas l’être., 29 août 2020, https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

[9] Demande WOB au ministère de la Santé, du Bien-être et des Sports, par FA Lahr, https://twitter.com/fritsander/status/1407307756588220419?s=20

[10] Gouvernement central, Tableau de bord Corona, Personnes infectieuses, https://coronadashboard.rijksoverheid.nl/landelijk/besmetelijke-mensen

[11] Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Cartes à l’appui de la recommandation du Conseil relative à une approche coordonnée des mesures relatives aux voyages dans l’UE, https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/situation-updates /cartes-hebdomadaires-coordonnées-restriction-libre-mouvement

[12] Stang et al., The performance of the SARS-CoV-2 RT-PCR test as a tool for detecting SARS-CoV-2 infection in the population, Journal of Infection (31 mai 2021), https://doi.org /10.1016/j.jinf.2021.05.022

[13] Mina et al., Clarifier les preuves sur les tests rapides d’antigène SARS-CoV-2 dans les réponses de santé publique à COVID-19, The Lancet (Volume 397, Numéro 10283, P1425-1427, 17 avril 2021), https://doi .org/10.1016/S0140-6736(21)00425-6

[14] OMS, Dr. Maria van Kerkhove, La transmission asymptomatique est très rare, https://www.youtube.com/watch?v=NQTBlbx1Xjs

[15] NIAID, Anthony Fauci, La transmission asymptomatique n’a JAMAIS été le moteur d’épidémies, https://www.youtube.com/watch?v=vrAvjU2LBkg

[16] The Telegraph, Exclusif : Plus de la moitié des hospitalisations de Covid ont été testées positives après l’admission, 26 juillet 2021, https://www.telegraph.co.uk/news/2021/07/26/exclusive-half-covid-hospitalisations-tested-positive -admission/

[17] Gouvernement central, Corona Dashboard, Numeracy Hospitals, https://coronadashboard.rijksoverheid.nl/ver Antwoording

[18] Fondation NICE, admissions à l’hôpital, https://stichting-nice.nl/covid-19/public/zkh/new-intake/confirmed

[19] GGD (OSIRIS), Admissions à l’hôpital, https://data.rivm.nl/covid-19/COVID-19_aantallen_gemeente_per_dag.csv

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